تتمثل مهام مكتب التدقيق الداخلي في الهيئة العامة للطيران المدني بما يلي:
- تطوير واقتراح التحسينات المستمرة على سياسات التدقيق
- التأكد من تنفيذ توصيات ديوان المحاسبة لدولة الإمارات العربية المتحدة
- ضمان تنفيذ توصيات جميع توجيهات التدقيق المعتمدة من قبل مجلس الإدارة والسياسات والإجراءات
- تخطيط وتنفيذ عمليات التدقيق المالي والقانوني في جميع وظائف الهيئة العامة للطيران المدني
- تقديم رأي مستقل مبني على معلومات دقيقة إلى المدير العام ومجلس الإدارة حول مدى فعالية أنظمة الرقابة لحماية مصالح الهيئة العامة للطيران المدني
- القياس والمراقبة المستمرة لبيئة المخاطر وأداء الإستراتيجيات الخاصة بإدارة المخاطر
- تقييم المخاطر المؤسسية (المالية والفنية والقانونية) وتوفير الضمانات بأن عمليات إدارة المخاطر تعمل بفعالية وأن المخاطر الرئيسية تدار بطريقة مناسبة
- تقديم تقارير إلى لجنة التدقيق والمخاطر حول المخاطر المؤسسية وتسليط الضوء على القضايا والمجالات ذات الأهمية